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植物种质资源,基因组学与生物信息学研究组
研究组介绍

研究组介绍

文章来源:  |  发布时间:2013-07-05  |  作者:  |  浏览次数:  |  【打印】 【关闭

 

本研究组主要利用基因组学、生态学和生物信息学等方法手段,我们的研究兴趣涵盖了分子进化、理论群体遗传学、分子生态学和保护生物学等诸多领域的一些重要科学问题。我们以具有重要经济价值或重大科学意义的生物及其近缘物种为研究对象,构建了以二代全基因组测序、生物信息学组装分析与比较功能基因组学研究平台,通过野外生态学调查、计算生物学分析、理论模型建立和植物遗传资源育种利用等理论与方法相结合,探讨进化生物学、生态学与保护生物学中的重要科学问题。我们以“全基因组中的基因功能解析—发育—形态建成”与“全基因组中的基因功能解析—表达—生态适应”为导向,探索我国野生植物种质资源优异新基因的发掘与有效利用的新思路,为种质资源的有效保护和可持续利用提供理论技术。从 2009 至今,我们的研究团队综合利用Sanger和二代测序技术(illumina 和454),自主完成了普通野生稻等十多个物种的从头测序并获得全基因组图谱。

本研究组目前有研究员1人(高立志),助理研究员4人(黄荟,张昀,刘云龙,佟岩),在站博士后1人(王小蓉),在读博士生7人(张群洁,朱婷,刘源,张杰,施超,张海宾,姚秋阳),在读硕士3人(夏恩华,王宁,施聪);迄今共毕业博士5人(张昀,凌立贞,刘云龙,莫新春,佟岩),毕业硕士7人(樊亚宇,刘阳,胡娜,吴春燕,田海霞,张金萍,高辉),出站博士后2人(高菊,康海岐)。

组内成员(按拼音姓氏排序)

研究组组长高立志 博士生导师 研究员

在职人员

黄  荟 博士 助理研究员

Email: huanghui@mail.kib.ac.cn

学习及工作经历

2008年8月—至今   中国科学院昆明植物研究所,助理研究员

2003年9月—2008年7月 中国科学院西双版纳热带植物园,生态学专业,获博士学位

1999年9月—2003年7月 云南大学,生态学专业,获学士学位

 

 研究方向

主要从事蛋白质组和转录组相关研究

相关科研动态及研究进展

目前正从事与茶树重要次生代谢产物相关的转录组和蛋白质组的调控机理以及生态适应机制研究。

发表论文如下

1. Huang Hui, Tong Yan, Zhang Quan-Jie, Gao Li-Zhi* (2013) Genome size variation among and within Camellia species by using flow cytometric analysis. PLoS ONE pone.0064981.

2. Huang Hui, Song Song-Quan*. (2013) Change in desiccation tolerance of maize embryos during development and germination at different water potential PEG-6000 in relation to oxidative process. Plant Physiology and Biochemistry 68: 61-70.

3. Huang Hui, M?ller Ian-Max, Song Song-Quan*. (2012) Proteomics of desiccation tolerance during development and germination of maize embryos. Journal of Proteomics 75:1247-1262.

4. Huang Hui, Song Song-Quan*, Wu Xian-Jin. (2009) Response of Clausena lansium Axes and Zea mays Embryos to Dehydration at Different Rates and Changes in Reactive Oxygen Species Scavenging Enzyme Activities. Journal of Integrative Plant Biology 1: 67-74.

5. Shi Chao, Hu Na, Huang Hui, Zhao You-Jie, Gao Ju, Gao Li-zhi*. (2012) An Improved Chloroplast DNA Extraction Procedure Specified for the Whole Plastid Genome Sequencing. PLoS ONE 7: e31468.

6. Shi Chao, Liu Yuan, Huang Hui, Xia En-Hua, Zhang Hai-Bin, Gao Li-zhi*. (2013) Contradiction between plastid gene transcription and function due to complex posttranscriptional splicing: An exemplar study of ycf15 function and evolution in angiosperms. PLoS ONE 8: e59620. doi:10.1371

7. 黄荟,宋松泉*,姜孝成 (2008) 种子蛋白质组的研究进展. 植物学报25:597-607

8. 王如玲,黄荟,宋松泉*,姜孝成 (2005) 玉米胚发育过程中内源ABA和GA_3的含量变化及其与脱水耐性形成的关系.西北植物学报,25: 1172-1777.

 

刘云龙 博士 助理研究员

Email: liuyunlon@mail.kib.ac.cn

学习及工作经历

2012年8月—至今,中国科学院昆明植物研究所,助理研究员

2006年9月-2012年7月, 中国科学院昆明植物研究所,植物学,博士2001年9月-2005年7月, 四川大学,生物技术,学士

 

 

研究方向

主要从事禾本科比较基因组学研究。

相关科研动态及研究进展

过去几年主要对水稻等多个完成测序的植物基因组的全基因组重复现象进行详尽的分析,研究基因的诸多生物学特征对基因保留和丢失偏好性的影响,以及基因丢失和转座子扩增对重复节段大小变异的影响。近期将在多个野生稻基因组中寻找并验证部分跟重要农艺性状相关的结构变异,从而对未来水稻等粮食作物的分子设计育种提供帮助。

 

佟  岩 博士 助理研究员

Email: dinger2001@163.com

学习及工作经历

2013年2月-至今    中国科学院昆明植物研究所,助理研究员

2009年9月-2013年1月 中国科学院昆明植物研究所,植物学,博士

2006年9月-2009年7月 云南大学,生命科学院,植物学硕士

2003年9月-2006年7月 河北科技大学,生物科学与工程学院,助理教授

1999年9月-2003年7月 河北师范大学生命科学学院,理学学士

研究方向

植物进化基因组学

相关科研动态及研究进展

云南山茶 (Camellia reticulata) 为山茶科 (Theaceae) 山茶属 (Camellia) 常绿灌木或小乔木,世界著名的观赏花木、种子含油量高,为优质食用油。本研究对野生云南山茶资源的分布现状进行了野外调查和取样。并根据大理茶 (Camellia taliensis) 叶绿体全基因组信息,开发筛选了可用于云南山茶多态性研究的叶绿体微卫星引物。最后,利用筛选的5对cpSSR引物对35个云南山茶居群共761个个体开展了群体遗传学的研究,并根据研究结果探讨了适于云南山茶的保护策略。目前开展云南山茶多倍体起源进化的谱系地理学研究,已考察采集了多个云南山茶天然居群和云南山茶栽培品种,并利用流式细胞技术对植物基因组大小估计与倍性鉴定研究。

发表论文:

1. Tong Yan, Chun-Yan Wu, Li-Zhi Gao* (2013) Characterization of chloroplast microsatellite loci from whole chloroplast genome of Camellia taliensis and their utilization for evaluating genetic diversity of Camellia reticulata (Theaceae). Biochemical Systematics and Ecology 50:207-211.

2. Huang Hui, Tong Yan, Zhang Quan-Jie, Gao Li-Zhi* (2013) Genome size variation among and within Camellia species by using flow cytometric analysis. PLoS ONE pone.0064981.

 

 

张  昀 博士 助理研究员

Email: zhangyun@mail.kib.ac.cn

学习及工作经历

2011年8月—至今,中国科学院昆明植物研究所,助理研究员

2008年9月-2011年7月, 中国科学院昆明植物研究所,植物学,博士

2005年9月-2008年7月, 哈尔滨医科大学,生物物理学,硕士

1995年9月-1999年7月, 复旦大学,药学,学士

 

研究方向

主要从事植物小分子RNA调控系统研究。

相关科研动态及研究进展

近期主要以水稻和拟南芥为研究对象,通过对这两种模式植物以及相关物种的基因组水平的研究阐明有花植物小分子RNA调控系统的起源和进化问题。将来主要期望对一些同重要农业性状有关的小分子RNA调控系统进行研究,从而对未来水稻等粮食作物的分子设计育种提供帮助。

 

在读博士

刘  源

Email: lyuan513@gmail.com

学习及工作经历

2010年9月—至今 中国科学院昆明植物研究所,植物学专业,在读博士

2007年9月—2010年7月 四川农业大学,果树学专业,农学硕士学位。

2003年9月—2007年7月 四川农业大学,观赏园艺专业,农学学士学位。

研究方向

主要从事水稻和茶二代测序数据的预处理、拼接和注释,水稻EST的拼接和分析,水稻gene family 协同进化分析,水稻基因组CNV分析。二代测序数据存储和数据灾难管理。

相关科研动态及研究进展

目前完成茶2个种的叶绿体基因组的拼接和对gap区的实验验证(文章已发表),水稻AA基因型6个种线粒体基因组的拼接和注释。

发表论文

1. Chao Shi,Yuan Liu, Hui Huang, En-Hua Xia, Hai-Bing Zhang, Li-Zhi Gao. (2013) Contradiction between Plastid Gene Transcription and Function Due to Complex Posttranscriptional Splicing: An Exemplary Study of ycf15 Function and Evolution in Angiosperms. PLoS ONE 8(3), e59620. (co-author)

2. Xiao-Rong Wang,Yuan Liu,Bi-Feng Zhong,Xiao-Li Dong,Qing Chen,Wu-Feng Xia, Han-Wu Zhang,Hao-Ru Tang. (2010) Cytological and RAPD data revealed genetic relationships among nine selected populations of the wild bramble species, Rubus parvifolius and R. coreanus (Rosaceae). Genetic Resources and Crop Evolution, 57,431-441.

 

施  超

Email: chsh1111@yahoo.cn

学习及工作经历

2009年9月—至今 中国科学院昆明植物研究所,植物学专业,在读博士

2005年9月—2009年7月 云南大学,理学学士

研究方向

植物叶绿体基因组的结构、进化以及转录等。

相关科研动态及研究进展

1. Shi C, Liu Y, Huang H, Xia E-H, Zhang H-B, et al. (2013) Contradiction between Plastid Gene Transcription and Function Due to Complex Posttranscriptional Splicing: An Exemplary Study of ycf15 Function and Evolution in Angiosperms. PLoS ONE 8(3): e59620. doi:10.1371.

2. Shi C, Hu N, Huang H, Gao J, Zhao Y-J, et al. (2012) An Improved Chloroplast DNA Extraction Procedure for Whole Plastid Genome Sequencing. PLoS ONE 7(2): e31468. doi:10.1371.

 

姚秋阳

Email: yaoqiuyang@mail.kib.ac.cn

学习及工作经历

2011年9月—至今 中国科学院昆明植物研究所与云南大学联合培养,植物学专业,在读博士

2008年9月—2011年6月 广西大学,微生物学专业,硕士学位

2004年9月—2008年7月 海南大学,生物技术专业,学士学位

 

研究方向

山茶属植物的转录组学研究

相关科研动态及研究进展

山茶属(Camellia)是山茶科(Theaceae)中种类较多一个属,该属全产于亚洲,其中80%的种类分布在中国。山茶属植物包括了产茶作物,产油作物,观赏花卉等,具有十分重要的经济和文化价值,可作为国家战略资源进行发掘。由于山茶组植物基因组很大,尚未有物种完成基因组测序,目前茶属植物中与油脂代谢、次生代谢及其它的基因资源相关的分子生物学的研究相对匮乏。转录组测序(RNAseq)的操作和分析的流程已经十分成熟,具有经济、快捷、高通量等特点,非常适合于非模式生物的分子生物学研究。本研究组已经获得若干山茶组植物多个组织的转录组数据,相关数据正在分析整理中。

 

张海宾

Email: zhanghaibin-eco@163.com

学习及工作经历

2010年9月—至今  中国科学院昆明植物研究所硕博连读,在读博士

2006年9月—2010年7月 云南大学,生物学专业,学士学位

研究方向

拟通过对不同生态地理来源的云南大叶茶重要次生代谢产物(咖啡因、儿茶素和茶氨酸)的植物化学分析,并结合转录组和DNA变异研究,找出在茶树重要次生代谢产物—咖啡因的生物合成代谢过程中可能的调控方式。2. 云南大叶茶全基因组测序中的基因组文库的构建及相关工作。

 

张  杰

E-mail: yehoo_jie@126.com

学习及工作经历

2010年9月—至今 中国科学院昆明植物研究所,植物学专业,在读博士

2006年—2010年,云南农业大学,园林园艺学院工作

2002年9月—2006年7月南京农业大学,植物遗传育种与生物技术专业,硕士学位

 

研究方向

主要研究植物多倍体和水稻表观遗传学

 

张群洁

Email: zhangqunjie@mail.kib.ac.cn

学习及工作经历

2009年9月—至今 中国科学院昆明植物研究所,生物学专业,在读博士

2006年9月—2006年7月中国科学院昆明动物研究所,结构生物信息学,硕士学位

2004年—2006年程序及策划道林格科技有限公司

1999年9月—2003年 厦门大学,生命科学学院,学士学位

研究方向

主要从事基于二代测序的植物基因组拼接与注释,转座子在植物基因组中的动态与进化,植物基因组中SSR的进化研究。

相关科研动态及研究进展

LTR逆转录转座子在番末瓜基因组中的进化及果蝇中LTR逆转录转座子独特的分布与进化模式。

 

在读硕士:

 

施  聪

Email: shc42092047@163.com

学习及工作经历

2013年4月-至今 中国科学院昆明植物研究所,在读硕士

2011年4月-2012年10月 浙江勿忘农种业科学研究院,水稻育种

2009年7月-2010年7月 西部计划志愿者

2005年9月-2009年7月 内蒙古科技大学,数理与生物工程学院, 学士

 

 研究方向

野生稻种质资源与基因组学

 

夏恩华

Email: xiaenhua@gmail.com

学习及工作经历

2011年9月—至今,中国科学院昆明植物研究所,植物学专业,在读硕士

2006年9月—2011年7月 哈尔滨医科大学,生物信息学专业,获学士学位

研究方向

主要从事二代测序数据的生物信息分析工作,擅长基因组注释,基因家族分析及转录组的相关分析。

相关科研动态及研究进展

2013年1月,参加了在美国圣地亚哥举行的第21届动植物基因组大会。目前正致力于普通野生稻基因组的分析工作,且已取得初步的成果。


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