依托中国西南野生生物种质资源库，聚焦重要经济植物和关键生态物种（如竹类与经济禾草、蕨类植物、荨麻科、樟科、禾本目C4植物以及药用植物等）及其野生近缘类群，结合分类形态与分子证据（如DNA条形码和kmer特征序列等）对物种进行精准鉴定，利用前沿技术手段收集保存我国西南地区特色野生种质资源，并开展种质资源综合评价；统筹植物学、基因组学和进化生物学多学科理论知识，开展系统发育基因组学研究，探讨种质资源多样性形成与进化模式，解析以多倍化为主的植物内在进化驱动机制，力争在学科基础理论上有所突破；在关键系统发育节点上，以多组学技术阐明野生种质资源创新性状和抗逆等优良性状的遗传基础，鉴定挖掘优异基因资源，支撑种质创新和作物品种改良，探索野生植物种质资源保护和挖掘利用研究新范式。