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植物系统与进化研究组
研究组介绍

研究组介绍

文章来源:  |  发布时间:2017-08-09  |  作者:陈斯云  |  浏览次数:  |  【打印】 【关闭

 

  植物系统与进化研究组是在中国科学院昆明植物所海外引进人才启动项目资助下,由伊廷双博士于2006年组建的研究团队。主要从事以下3个方面的研究。

  1. 植物系统发育基因组学

  利用核、叶绿体和线粒体系统发育基因组学方法重建种子植物,特别是固氮分支及分支内蔷薇科、豆科、鼠李科、大麻科等类群的生命之树,揭示主要支系和属种的分类范畴,系统发育关系,并在系统发育框架下探讨三个基因组的进化机制。

  2. 植物多样化形成和维持机制

  根据构建的系统发育树,结合古地质、古气候和化石证据推断类群的起源、分化和现在分布格局形成的历史;研究物种多样化的限制和驱动因子;探讨植物性状演化式样。

  3. 智能植物志“iFlora”

  中国维管植物“iFlora”平台构建。对固氮分支及该分支内的豆科、蔷薇科、鼠李科、大麻科等类群开展DNA条形码和组学数据为主的超级条形码(ultra-barcoding)研究。

   

  

  

  张书东 博士,助理研究员

  主要从事蔷薇目分子系统学和进化生物学研究。主持和参加多项国家和省部级研究项目。在New PhytologistMPE等期刊发表20余篇科研论文。

  Shu-Dong Zhang Ph.D., assistant professor.

  He studies plant systematics and species diversity, with an emphasis on the Rosales phylogenetics and classification. He presides and participates in over 10 grants including the National Natural Science Foundation of China, the Instruments Development and Technology Innovation Project of the Chinese Academy of Sciences, the Project of Sino-Africa Joint Research Center, and so on. He published over 20 peer-reviewed scientific papers in international journals, such as New Phytologist, Molecular Phylogenetics and Evolution and so on. He published some papers on the phylogenetics of Rosales, which lay an important foundation for further study of Rosales diversification.

  

  

  陈斯云 硕士,工程师

  主要从事生物信息学研究,擅长生物组学数据组装和分析,目前专注叶绿体基因组和转录组的研究;参加多项国家、中科院科研项目,在PNASNew PhytologistMPE等期刊发表科研论文多篇;已完成多个叶绿体基因组和转录组数据序列的拼接组装。

  Si-Yun Chen master, Engineer

  He mainly engaged in assembly and annotation of omics data, with an emphasis on the assembly of plastome and transcriptome.

   

  

  曲小健 博士

  主要从事种子植物基因组系统发育及结构演化研究。研究兴趣:1. 利用组学数据对种子植物相关类群进行系统发育重建,揭示造成拓扑结构不稳定的原因。2. 质体基因组结构演化,探讨特定类群多样化质体基因组结构产生的相关因素。开展质体基因组的组装和注释、系统发育重建以及基因组的演化研究。已完成裸子植物柏科柏亚科系统发育重建及结构演化工作,相关成果发表于Scientific ReportsGenome Biology and Evolution。参与完成豆科含羞草分支叶绿体基因组的结构演化工作,成果发表于Tree Genetics & Genomes。目前已完成裸子植物属级水平系统发育重建以及叶绿体基因组多样化结构演化相关分析。当前参与的工作包括被子植物叶绿体基因组科级水平系统发育重建、天南星科转录组系统发育重建等。

  Xiao-Jian Qu Ph.D.

  He mainly studies on plastid phylogenomics and evolution of seed plants. He applies omic data to resolve phylogenetic relationships of some seed plants, explores underline mechanisms of conflicting topologies. He explores genome structural variation based on the reconstructed phylogenetic backbone. He has some experience in plastid genome assembly, annotation, phylogenetic reconstruction and genomic comparation. He has conducted phylogenetic reconstruction and plastome evolution for Cupressoideae (published in Scientific Reports and Genome Biology and Evolution), the plastome evolution of mimosoid clade (published in Tree Genetics & Genomes). He is reconstructing intergeneric relationships of gymnosperms with plastome data and exploring the plastome structural variation.

  quxiaojian@mail.kib.ac.cn

  https://www.researchgate.net/profile/Xiao_Jian_Qu

  https://github.com/quxiaojian

  

  金建军  博士

  主要从事植物类群的系统发育基因组学、生物地理学、类群多样化机制研究,研究类群包括固氮分支若干类群(大麻科、蔷薇科、豆科)以及石竹目。近期工作涉及叶绿体基因组从头组装方法,豆科叶绿体基因组的系统发育、分子进化样式以及祖先基因组结构重建,以及石竹目叶绿体基因组的系统发育。

  Jian-Jun Jin Ph.D. 

  He is broadly interested in biodiversity and statistical methods approaching the diversity, mainly the methods in phylogenetics. He is working on phylogenetics and biogeography of several plant groups (mainly Cannabaceae and Rosaceae). He also developed a python pipeline in de novo assembly of organelle genomes. He is now focusing on plastid phylogenomics and structural evolution of Fabaceae and Caryophyllales.

  Email: jinjianjun@mail.kib.ac.cn

  https://www.researchgate.net/profile/JianJun_Jin

  https://github.com/Kinggerm

  

  

  王银环  博士

  主要从事豆科的叶绿体系统发育基因组学研究。用叶绿体基因组数据解决豆科的主要分支的系统发育关系,同时基于系统发育树研究叶绿体基因组的结构变异与演化模式。已完成含羞草分支14个代表属的叶绿体基因组结构变异比较与演化模式分析,成果发表在Tree Genetics & Genomes

  Yin-Huan Wang master, Ph.D.

    She mainly studies the plastid phylogenomics of Fabaceae (Leguminosae), resolves the phylogenetic relationships of major legume lineages using plastome data and explores the variation and evolution pattern of plastome structure based on the reconstructed trees. Hers study of comparing the structure variation and tracing the evolution pattern of plastomes of the mimosoid clade has been published in Tree Genetics & Genomes.

   

   

  

  张荣 硕士, 博士研究生

  主要从事蝶形花亚科(豆科)的系统发育基因组学研究。硕士毕业于中国科学院昆明植物研究所植物学专业,主要研究菊科橐吾属自然杂交与物种形成。博士阶段的专业是生物化学与分子生物学,主要利用叶绿体、线粒体和核基因多组学数据开展蝶形花亚科(豆科)的系统发育基因组学研究。

  Zhang Rong master, Ph.D. student

  He has obtained master degree from Kunming Institute of Botany (KIB), CAS, mainly worked on natural hybridization and speciation of the genus Ligularia (Asteraceae). He is studying phylogenomics of the Papilionoideae (Fabaceae) using data of plastomes, and mitochondrial and nuclear genes.

  E-mail: zhangronga@mail.kib.ac.cn.

  https://www.researchgate.net/profile/Rong_Zhang11.

  

  

  杨莹莹 硕士,博士研究生 

  主要从事分子系统学研究。本科毕业于河北大学。在中国科学院昆明植物研究所获得硕士学位,从事漆树科三叶漆属的系统发育生物学研究。博士工作致力于壳斗目的转录组系统发育基因组学研究,旨在深层次全面的解析壳斗目中困难类群的系统关系及关键性状的演化,这对于该目的物种多样性、可持续利用和保护有非常重要的作用。

  Ying-Ying Yang master, Ph.D. student

  She obtained hers bachelor degree from Hebei University. She obtained hers master degree from Kunming Institute of Botany, CAS, studied on the phylogeny and biogeography of Searsia (Anacardiaceae). She is working on the phylogenomics of Fagales using transcriptomics data. The study is very important for understanding the evolutionary history of Fagales.

   

  

  张焕雷  硕士研究生

  主要从事植物分子系统生物学研究。山东师范大学获得学士学位。现阶段主要开展大麻科叶绿体系统发育基因组学研究,利用叶绿体基因组数据,研究大麻科的系统发育关系和结构进化。

  Huan-Lei Zhang, master student

  He mainly studies on phylogenetics. He obtained bachelor degree from Shandong Normal University. He is working on phylogenomics of Cannabaceae  to reconstruct the intergeneric relationships of Cannabaceae and address plastome structural variation.

   

  

  

  吴佳瑾  硕士研究生

  四川大学获得学士学位。目前工作利用植物DNA条形码数据重建中国被子植物系统发育树,基于系统发育树研究西南山地植物多样性分布模式和形成机制。对生物信息学有浓厚兴趣,能利用编程语言进行文本处理,爬虫等批量化工作。

  Jia-Jin Wu, master student

  Hers research interests focus on understanding plant distribution and diversification. She is reconstructing Chinese angiosperm phylogenetic tree using DNA barcoding data. Based on this tree, we can explore the plant diversification problems of southwest China hotspot. I am interested in bioinformatics very much and have learned some programming languages including python.

   

  

  

  田琴 硕士研究生 

  主要从事植物分子系统多样性研究。

  Qin Tian master student

  She obtained bachelor degree from Shanxi Normal University. Hers major research interests are molecular systematic and biodiversity.

   

  离职工作人员(含博士后):

  杨杨  助理研究员,2011离职。现在中国科学院昆明植物研究所工作。联系邮箱:yangyang2@mail.kib.ac.cn

  谢磊  副教授,2011年博士后出站。现在北京林业大学保护区学院工作,从事植物分类学、系统学与生物地理学研究和相关教学工作。联系邮箱:xielei_si@126.com

   

  毕业研究生(含联合培养)

  孟静  副教授,2010年博士毕业。现在云南农业大学园林园艺学院工作。主要从事园林植物种质资源收集与创新利用。详细个人介绍:https://www.researchgate.net/profile/Jing_Meng13

  http://et.ynau.edu.cn/yy/View.asp?id=3206

  李翔  2012年硕士毕业。现在德国马普化学生态研究所分子生态研究组攻读博士学位。

  贺水莲  副教授,2013年博士毕业。现在云南农业大学园林园艺学院工作。主要从事观赏植物种质资源收集、保护、评价与创新研究。详细个人介绍:https://www.researchgate.net/profile/Shuilian_He

  杨美青 讲师, 2014年博士毕业。现在内蒙古科技大学包头医学院工作。主要从事药用植物系统发育与基因组研究。

  金桂花 工程师, 2014年硕士毕业。现在中国科学院昆明植物所工作。主要从事生物信息学研究。

  刘萍  2017年硕士毕业。现在中国科学院西双版纳植物园工作。

   

  主要合作者

  李德铢研究员 中国科学院昆明植物研究所中国西南野生资源库

  马红教授 复旦大学生命学院

  Jun Wen Department of Botany, The Smithsonian Institution, USA

  Mark W. Chase Royal Botanic Gardens, Kew

  Douglas E. Soltis Florida Museum of Natural History, University of Florida

  Pamela S. Soltis Florida Museum of Natural History, University of Florida

  Stephen Smith Department of Ecology and Evolutionary Biology,University of Michigan

  The Legume Phylogeny Working Group (LPWG)

  Michael J. Moore Department of Biology, Oberlin College


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