草莓 (Fragaria)具有重要的经济和营养价值。现代八倍体栽培草莓 (F. × ananassa) 起源于两个八倍体野生种弗州草莓 (F. virginiana)和智利草莓 (F. chiloensis) 的种间杂交。然而，由于草莓属系统发育解析涉及未知的祖先，同源染色体交换和不完全谱系分选等问题，学术界至今对八倍体草莓的二倍体祖先的问题仍存在较大的争议。此外，对于八倍体草莓在驯化过程中的亚基因组的同源偏向性表达及转变模式并不明确。
近日，中国科学院昆明植物研究所中国西南野生生物种质资源库，云南省作物野生近缘种现代组学实验室朱安丹专题组深入解析了八倍体草莓的起源和遗传分化特征。该研究提出了一套适用于多倍体的ALLHiC迭代挂载流程，构建了两个八倍体野生草莓智利草莓 (F. chiloensis)和弗州草莓 (F. virginiana)染色体水平的高质量分型基因组。基于kmer-based的方法完成了八倍体草莓亚基因组的分离，并在此基础上采用不同的分析方法(如phylogeny-free, genetic distance matrix等)重新追溯了八倍体草莓的二倍体祖先，研究纠正了国外学者在亚基因组分配上错误，并进一步确定森林草莓 (F. vesca)和饭沼草莓 (F. iinumae)是八倍体草莓是现存的二倍体祖先种。研究还探讨了八倍体草莓在驯化过程中的同源偏向性表达分化，并基于空间四联体方法完成了八倍体草莓的静态和动态的同源偏向性分析，并鉴定到了一些重要的转录因子在驯化过程中发生了表达偏倚/转变。
研究成果以Haplotype-resolved genomes of wild octoploid progenitors illuminate genomic diversifications from wild relatives to cultivated strawberry为题，在国际期刊Nature Plants上在线发表，中国科学院昆明植物研究所博士生金鑫为论文的第一作者。中国科学院昆明植物研究所朱安丹研究员、美国内布拉斯加大学Jeffrey P. Mower教授和云南省农业科学院花卉研究所阮继伟研究员为论文的共同通讯作者。本研究得到了国家重点研发计划(2018YFD1000107)、国家自然科学基金(批准号:31860534)等项目的资助。
