本研究组自2017年4月建立。目前专题组主要成员包括研究员1人（朱安丹），副研究员1人（樊维姝），博士后1人（刘芳），在读博士5人（杜海媛，金鑫，陈茂贤，黄艺伟, 唐继兴），在读硕士3人(郑旭，何奕莹，方愚）等

樊维姝 博士 副研究员

Email: fanweishu@mail.kib.ac.cn

      个人荣誉：中国科学院“青促会”会员、2023年“优秀女青年奖”

学习与工作经历：

2022.1-      副研究员   中国科学院昆明植物研究所   西南野生生物种质资源库

2018.1-2021.12     助理研究员   中国科学院昆明植物研究所   西南野生生物种质资源库

2012.8-2017.9      博士、博士后  美国内布拉斯加林肯大学    农学与园艺系

2007.9-2011.7      学士       西北农林科技大学        农学院农学专业

研究方向：

植物比较基因组学与进化生物学。基于基因组及转录组测序技术与分子生物学实验相结合的方法，系统分析绿色植物质体基因组的进化特征以及一些新特征的起源及进化：如基因组结构、基因及内含子含量、RNA编辑、水平基因转移等；同时开展兰属植物光合代谢型转变分子基础等研究。

发表论文：

1. Fan W#, He ZS#, Zhe M, Feng JQ, Zhang L, Huang Y, Liu F, Huang JL, Ya JD, Zhang SB, Yang JB*, Zhu A*, Li DZ*. High-quality Cymbidium mannii genome and multifaceted regulation of crassulacean acid metabolism in epiphytes. 2023, Plant Communications. in press

2. Fan W#, Liu F#, Jia Q, Du H, Chen W, Ruan J, Lei J, Li DL*, Mower JP*, Zhu A* (2022) Fragaria mitogenomes evolve rapidly in structure but slowly in sequence and incur frequent multinucleotide mutations mediated by micro‐inversions. New Phytologist 236: 745-759.

3. Liu F#, Fan W#, Yang JB, Xiang CL, Mower JP, Li DL*, Zhu A* (2020) Episodic and GC-biased bursts of intragenomic and interspecific synonymous divergence in Ajugoideae (Lamiaceae) mitogenomes. New Phytologist 228: 1107-1114.

4. W Fan, W Guo, L Funk, JP Mower, A Zhu *. Complete loss of RNA editing from the plastid genome and most highly expressed mitochondrial genes of Welwitschia mirabilis. 2019. Science China Life Sciences

5. A Zhu*, W Fan*, RP Adams, JP Mower. Phylogenomic evidence for ancient recombination between plastid genomes of the Cupressus-Juniperus-Xanthocyparis complex (Cupressaceae). 2018. BMC Evolutionary Biology 18(1), 137

6. W Fan, W Guo, JL Van Etten, JP Mower. Multiple origins of endosymbionts in Chlorellaceae with no reductive effects on the plastid or mitochondrial genomes. 2017. Scientific Reports 7 (1), 1-10

刘芳 博士后

Email: liufang@mail.kib.ac.cn

个人荣誉：云南省优秀博士论文、云南省博士后优秀成果奖（三等）

学习与工作经历：

2018.9-2021.6    在读博士   中国科学院昆明植物研究所   生物化学与分子生物学

2017.5-2018.8  科研助理   中国科学院昆明植物研究所   西南野生生物种质资源库 

研究方向：

植物质体基因组（线粒体基因组）的进化基因组学。从基因组演化的角度探讨植物线粒体基因组的大小、结构、基因和内含子含量及非编码区变异等在不同进化地位生物中的多样性及其形成的规律和机制。主要以显花植物中线粒体基因组变异较大的物种为研究对象，采用基因组和转录组测序技术结合分子生物学实验的方法，研究显花植物线粒体基因组多样性的成因和影响。

发表论文：

1. Liu F#, Fan W#, Yang JB, Xiang CL, Mower JP, Li DL*, Zhu A* (2020) Episodic and GC-biased bursts of intragenomic and interspecific synonymous divergence in Ajugoideae (Lamiaceae) mitogenomes. New Phytologist 228: 1107-1114.

2. Fan W#, Liu F#, Jia Q, Du H, Chen W, Ruan J, Lei J, Li DL*, Mower JP*, Zhu A* (2022) Fragaria mitogenomes evolve rapidly in structure but slowly in sequence and incur frequent multinucleotide mutations mediated by micro‐inversions. New Phytologist 236: 745-759.

3. Duan Q#, Liu F#, Gui D, Fan W, Cui G, Jia W, Zhu A*, Wang J*. (2022) Phylogenetic analysis of wild species and the maternal origin of cultivars in the genus Lilium using 114 plastid genomes. Frontiers in Plant Science, 2350

杜海媛 在读博士 (2020级)

Email: duhaiyuan@mail.kib.ac.cn 

研究方向：

1 植物比较基因组学和比较转录组学。基于蔷薇科不同物种基因组学数据开展比较基因组的分析，研究基因的演化过程与驱动力；

2 基于不同开花习性的八倍体栽培草莓转录组学数据开展比较转录组学的分析，解析八倍体四季草莓连续开花的调控机制。

专业技能：

1 计算机及编程语言：Linux、R、Python、

2 生物信息学及基因组学：DNA/蛋白质序列分析、基因组/转录组数据分析、基因组组装与注释

3 分子生物学：DNA/RNA的提取、qPCR、遗传转化体系的构建 

发表论文：

1.  Chen W, Wan H, Liu F, Du H, et al. (2022) Rapid evolution of T2/S-RNase genes in Fragaria linked to multiple transitions from self-incompatibility to self-compatibility. Plant Diversity, 45(2):219-228

2. Jin X., Du H., Zhu C. et al. Haplotype-resolved genomes of wild octoploid progenitors illuminate genomic diversifications from wild relatives to cultivated strawberry. Nature Plants (2023). https://doi.org/10.1038/s41477-023-01473-2

金鑫 在读博士 （2020 级）

Email: jinxin@mail.kib.ac.cn

研究方向：

1 草莓基因组学与驯化生物学

专业技能：

1 计算机及编程语言：Linux, R

2 生物信息学及基因组学：基因组、转录组、代谢组数据分析，基因共表达网络构建

3 分子生物学：DNA提取，RNA提取，qPCR

发表论文：

1. Jin X., Du H., Zhu C. et al. Haplotype-resolved genomes of wild octoploid progenitors illuminate genomic diversifications from wild relatives to cultivated strawberry. Nature Plants (2023). https://doi.org/10.1038/s41477-023-01473-2

陈茂贤 在读博士 （2021级）

Email: chenmaoxian@mail.kib.ac.cn

黄艺伟 在读博士 （2022级）

Email: huangyiwei@mail.kib.ac.cn

郑旭 在读硕士

Email: zhengxu@mail.kib.ac.cn

何奕莹 在读硕士

Email: heyiying@mail.kib.ac.cn