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植物基因组学和计算生物学研究组
研究组成员

研究组成员

文章来源:  |  发布时间:2018-07-03  |  作者:陈武、贾乔雅  |  浏览次数:  |  【打印】 【关闭

 

研究组成员

本研究组自2017年4月建立。

目前有研究员1人(朱安丹),助理研究员1人(樊维姝),在读博士2人(陈武,刘芳),在读硕士4人(杜海媛,贾乔雅,朱楚萌,者孟青)

在职人员(相同职位按拼音姓氏排序

樊维姝 博士 助理研究员

Email: fanweishu@mail.kib.ac.cn 

学习与工作经历:

  2018.1        助理研究员    中国科学院昆明植物研究所   西南野生生物种质资源库

  2012.8-2017.9   博士、博士后   美国内布拉斯加林肯大学     农学与园艺系

  2007.9-2011.7   学士         西北农林科技大学          农学院 农学专业

研究方向:植物比较基因组学与进化生物学。基于基因组及转录组测序技术与分子生物学实验相结合的方法,系统分析绿色植物质体基因组的进化特征以及一些新特征的起源及进化:如基因组结构、基因及内含子含量、RNA编辑、水平基因转移等;同时开展植物多倍体基因组的研究和顺反调控对基因及其表达 的影响等研究。

发表论文:

Zhu, A.*, Fan, W.*, Adams, R.P. and Mower, J.P., 2018. Phylogenomic evidence for ancient recombination between plastid genomes of the Cupressus-Juniperus-Xanthocyparis complex (Cupressaceae). BMC Evolutionary Biology,18:137 (*共同一作)

Fan, W., Guo, W., Van Etten, J.L. and Mower, J.P., 2017. Multiple origins of endosymbionts in 

Chlorellaceae with no reductive effects on the plastid or mitochondrial genomes. Scientific Reports, 7.

Fan, W., Zhu, A., Kozaczek. M., Shah, N., Pabón-Mora, N., González, F. and Mower, J.P., 2016. Limited

mitogenomic degradation in response to a parasitic lifestyle in Orobanchaceae. Scientific Reports, 6.

Guo, W., Grewe, F., Fan, W., Young, G.J., Knoop, V., Palmer, J.D. and Mower, J.P., 2016. Ginkgo and

Welwitschia mitogenomes reveal extreme contrasts in gymnosperm mitochondrial evolution. 

Molecular Biology and Evolution 33, 1448-1460

Guo, W., Zhu, A., Fan, W. and Mower, J.P., 2016. Complete mitochondrial genomes from the ferns

Ophioglossum californicum and Psilotum nudum are highly repetitive with the largest organellar introns.

New Phytologist.

Zhu, A., Guo, W., Gupta, S., Fan, W. and Mower, J.P., 2015. Evolutionary dynamics of the plastid inverted

repeat: the effects of expansion, contraction, and loss on substitution rates. New Phytologist 209, 1747-1756.

Guo, W., Grewe, F., Cobo-Clark, A., Fan, W.,et.al. 2014. Predominant and substoichiometric isomers of the

plastid genome coexist within Juniperus plants and have shifted multiple times during cupressophyte evolution.

Genome Biology and Evolution 6,580-590.

                                          

陈武 在读博士(合作培养)

Email: chenwu@mail.kib.ac.cn

学习与工作经历:

2018.9-至今   在读博士    中国科学院昆明植物研究所   生物化学与分子生物学

2017.7-2018.8  科研助理    中国科学院昆明植物研究所   中国西南野生生物种质资源库

2014.9-2017.6  硕士      北京林业大学           林木遗传育种专业

2010.9-2014.6  学士       滁州学院             生物科学专业    

研究方向:基于分子生物学实验与基因组及转录组测序技术相结合的方法,从群体水平上系统分析多倍体植物基因组的演化特征以及植物多倍体形成与表达调控机制,进而研究其在倍植物重要表型性状形成之间所起到的作用。

专业技能:

1 计算机及编程语言:Linux, R

2物信息学及基因组学:DNA/蛋白质序列分析, 转录组数据分析,群体水平数据分析

3分子生物学:DNA提取,RNA提取,PCR

发表论文:

Chen W, Hou L, Zhang Z, et al. Genetic Diversity, Population Structure, and Linkage Disequilibrium of a

Core Collection of Ziziphus jujuba Assessed with Genome-wide SNPs Developed by Genotyping-by-sequencing

and SSR Markers[J]. Frontiers in Plant Science, 2017, 8, DOI: 10.3389/fpls.2017.00575.

陈武, 孔德仓, 崔艳红,等.枣核心种质表型性状多样性及裂果相关性研究[J].北京林业大学学报.

康亚璇, 陈武, 庞晓明, 李颖岳. 枣不同组织提取RNA方法的比较及优化[J].分子植物育种.

Zhang Z Y, Wang H, Chen W, et al. Genetic diversity and structure of native and non-native populations of the

endangered plant Pinus dabeshanensis[J]. Genetics and molecular research: GMR, 2016, 15(2)

                                        

刘芳 在读博士(合作培养)

Email: liufang@mail.kib.ac.cn

学习与工作经历:

  2018.9-至今     在读博士   中国科学院昆明植物研究所     生物化学与分子生物学

  2017.5-2018.8    科研助理   中国科学院昆明植物研究所     西南野生生物种质资源库

  2011.9-2014.7    硕士      河南师范大学             细胞生物学专业

  2007.9-20011.6   学士      河南城建学院             生物工程专业

研究方向植物质体基因组(线粒体基因组)的进化基因组学。从基因组演化的角度探讨植物线粒体基因组的大小、

结构、内含子含量及非编码区变异等在不同进化地位生物中的多样性及其形成的规律和

机制。主要以显花植物中线粒体基因组变异较大的物种为研究对象,采用基因组和转录组测序技术结合分子生物学实验的方法,研究显花植物线粒体基因组多样性的成因和影响。

专业技能

1 计算机及编程语言:Linux,C++

2 生物信息学及基因组学:DNA、蛋白质序列分析,基因组组装与注释

3分子生物学:DNA提取,细胞器基因组提取,PCR,构建载体,流式细胞术

发表论文:

刘芳,李涛,刘慧兵,等. 大鼠再生肝细胞的分离和培养.四川动物,2014,33(3):440~444

李涛,刘芳,李艳梅,等.永城煤矸石污染区水域对基于肝脏的影响. 河南农业科学.

谢朝晖王晓涛陈兰英李鑫唐超刘芳杨军英. 东方蝾螈性二型性特征分析. 四川动物.

                                                        

杜海媛 在读硕士

Email: duhaiyuan@mail.kib.ac.cn

学习经历:

   2017.9-至今    在读硕士  中国科学院昆明植物研究所    生物化学与分子生物学    

   2013.9- 2017.6  学士     湖北民族学院            园艺学   

专业技能

1 分子生物学:  DNA提取,RNA提取,PCR,遗传转化体系的建立

2 计算机与编程语言:Python、SPSS数据分析

                                                       

贾乔雅 在读硕士

  Email:jiaqiaoya@mail.kib.ac.cn

  学习经历:

  2017.9-至今   在读硕士 中国科学院昆明植物研究所   生物化学与分子生物学    

  2013.9-2017.6  学士  山东大学          生物科学     

专业技能:

1 分子生物学:DNA提取,RNA提取,PCR

2 生物信息学及基因组学:基因组注释、origin的使用

 

 

朱楚萌  在读硕士

 Email: zhuchumeng@mai.kib.ac.cn

 学习经历:

 2018.9     在读硕士    中国科学院昆明植物研究所         生物化学与分子生物学

 2014.9-2018.6  学士      华南农业大学                林学 

专业技能:

 1. 分子生物学:PCR

 2. 计算机与编程语言:SPSS数据分析、Java

 


者孟青 在读硕士

Email:zhemengqing@mail.kib.ac.cn

学习与工作经历:

2018.9-至今  在读硕士   中国科学院昆明植物研究所     生物化学与分子生物学

2017.4-2018.6 分子实验员  中国科学院昆明植物研究所     西南野生生物种质资源库

2015.9-2017.6 学士     云南农业大学             园艺 

专业技能

1. 分子生物学:各类植物DNA的提取、植物标本DNA的提取、纯化和检测;PCR扩增

2. 生物信息学及基因组学:基因组组装与注释


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