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植物基因组学和计算生物学研究组
研究组组长

课题组组长

文章来源:  |  发布时间:2017-11-22  |  作者:贾乔雅  |  浏览次数:  |  【打印】 【关闭

 

朱安 研究员,课题组组长

学  科: 生物化学与分子生物学(理学

电话/传真: 0871-65238370 

电子邮件: zhuandan@mail.kib.ac.cn

通讯地址: 云南省昆明市盘龙区蓝黑路132 650201

 

研究领域

    目前主要是通过计算生物学与实验相结合的方法, 从基因组复杂度、多倍体基因组间互作、基因表达调控及基因功能分析等角度研究植物野生种质资源多样性及特殊、重要园艺性状的形成机理。

 

主要研究内容:

1)核质共进化模式与机制,包括植物线粒体基因组结构变异规律及与变异速率和重组的关系,核质互作在种子发育中起到的作用等;

2)植物多倍体形成与表达调控机制,包括倍性变异的剂量效应,顺式、反式调控变异, 以及表观修饰等在重要花卉资源、种子发育中起到的作用;

3)特色野生种质资源的收集与利用;

 

学习与工作经历:

2001.092005.06 华中农业大学 理科基地班 生物技术专业,   学士

2005.092012.07 华中农业大学 园艺与林学学院 果树学专业, 博士

2012.09-2015.11 美国内布拉斯加大学林肯分校 农学与园艺系, 博士后

2015.122017.03 美国德州大学奥斯汀分校 计算生物学与生物信息学中心,任Research Fellow

2017.04-至今 中国科学院昆明植物研究所,研究员  

 

代表论著:

1. Guo W, Zhu A, Fan W, Mower JP. Complete mitochondrial genomes from the ferns Ophioglossum californicum and Psilotum nudum are highly repetitive with the largest organellar introns. New Phytologist. 2017; 213 (1): 391-403

2. Zhu A, Guo W, Gupta S, Mower JP. Evolutionary dynamics of the plastid inverted repeat: the effects of expansion, contraction, and loss on substitution rates. New Phytologist. 2016; 209(4): 1747-1756

3. Grewe F, Zhu A, Mower JP. Loss of a trans-splicing nad1 intron from Geraniaceae and transfer of the maturase gene matR to the nucleus in Pelargonium. Genome Biology and Evolution. 2016; 8(10): 3193-3201

4. Park S, Grewe F, Zhu A, Ruhlman TA, Sabir J, Mower JP, Jansen RK. Dynamic evolution of Geranium mitochondrial genomes through multiple horizontal and intracellular gene transfers. New Phytologist. 2015; 208(2): 570-583

5. Zhu A, Guo W, Jain K, Mower JP. Unprecedented heterogeneity in the synonymous substitution rate within a plant genome. Molecular biology and evolution. 2014; 31 (5): 1228-1236

6. Ding Y, Chang J, Ma Q, Liu S, Jin S, Han J, Xu R, Zhu A, Guo J, Luo Y, Xu J, Xu Q, Zeng Y, Deng X, Cheng Y. Network analysis of postharvest senescence process in Citrus fruits revealed by transcriptomic and metabolomic profiling. Plant Physiology. 2015; 168(1):357-376

7. Xu Q, Chen L, Ruan X, Chen D, Zhu A, Chen C, Bertrand D., Jiao W., , Deng X, Ruan Y. The draft genome of sweet orange (Citrus sinensis). Nature genetics. 2013; 45 (1):59-66

8. Sun X, Zhu A, Liu S, Sheng L, Ma Q, Zhang L, Nishawy EME., Zeng Y, Xu J, Ma Z, Cheng Y, Deng X. Integration of metabolomics and subcellular organelle expression microarray increases understanding of the organic acid changes in post-harvest Citrus fruit. Journal of Intergrative Plant Biology. 2013; 55(11):1038-1053

9. Zhu A, Li W, Ye J, Sun X, Ding Y, Cheng Y, Deng X. Microarray expression profiling of postharvest Ponkan mandarin (Citrus reticulata) fruit under cold storage reveals regulatory gene candidates and implications on sugars metabolism. Journal of integrative plant biology. 2011; 53 (5):358-374

10. Xu Q, Liu Y, Zhu A, Wu X, Ye J, Yu K, Guo W, Deng X. Discovery and comparative profiling of microRNAs in a sweet orange red-flesh mutant and its wild type. BMC Genomics. 2010; 11(1):246

11. Liu Q, Zhu A, Chai L, Zhou W, Yu K, Ding J, Xu J, Deng X. Transcriptome analysis of a spontaneous mutant in sweet orange [Citrus sinensis (L.) Osbeck] during fruit development. Journal of Experimental Botany. 2009;60 (3):801-813


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