1、植物基因组

　　1.1  在基因组学上，研究组早期以稻亚科、早熟禾亚科和竹亚科（BEP分支）为核心，阐述禾本科植物的比较基因组学以及新基因演化；

　　1.2  参与种质资源库iFlora计划，从大规模植物叶绿体基因组计划中，选择重要的西南特有植物、重要药用植物作为研究对象，获得重要植物基因组资源，逐步建立全基因组分析体系。

2、生物信息学

　　2.1  以表型演化为导向，利用GWAS、自主开发的算法流程等技术手段，挖掘参与演化的新基因，例如融合基因、De Novo新基因等等，鉴定一批具有潜在应用价值的重要基因，完善演化机制、特性以及新基因的演化规律等理论。

　　2.2  开发新算法，建立年轻融合基因数据库融合（基因是新基因产生的一个重要机制，建立大学融合基因数据库，有利于其他科研人员更好地进行研究）；完善基于动态局部优化算法的模型，改进工具，并推出能够供广大科研人员使用的平面化界面操作软件；结合昆明植物所资源和传统植物学研究，参与国内外大数据合作计划。