1）植物进化基因组学  

　　以生物信息学和进化基因组学为手段，研究真核生物基因组进化过程中的一些关键问题，其中包括水平基因转移在真核生物各类群中的频率及发生机制，以及各种主要进化机制（水平基因转移、新基因起源、基因重复等）在真核生物大类群起源分化及不同进化阶段的作用。近期重点研究真核生物各类群之间的关系，内共生的作用，以及主要特有形状的起源在类群适应性进化中的作用。 

　　2）青藏高原极端生境植物基因组适应性进化研究