1、重要野生蘑菇的系统亲缘、多样性与新资源。2017年度云南省自然科学二等奖。完成人员：杨祝良，吴刚，李艳春，葛再伟，戴玉成

2、中国华南及邻区森林大型真菌多样性研究及其利用。2009年度广东省科学技术奖励一等奖。完成人员：李泰辉、吴兴亮、宋斌、戴玉成、杨祝良、刘波、毕志树、郑国扬、沈亚恒、刘国民、袁海生、崔宝凯、魏玉莲、邹芳伦、钟金霞

3、华南及邻近地区森林高等真菌多样性研究。2007年度教育部高等学校自然科学奖二等奖。完成人员：吴兴亮、李泰辉、宋斌、戴玉成、杨祝良、沈亚恒、刘波、毕志树、胡炎兴和郑国扬

4、中国鹅膏科真菌的物种多样性、系统学及菌根研究。2003年度云南省自然科学二等奖。完成人员：杨祝良、F. Oberwinkler、臧穆、M. Weiss、刘培贵、王向华

5、德国帝宾根大学优秀博士奖(Promotionspreis der Universit？t Tübingen 1998)。完成人员：杨祝良