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昆明植物所成功解析茶果樟的全基因组
作者: 更新时间: 2024-05-06
茶果樟（Cinnamomum chago B.S. Sun et H.L. Zhao）是受国家II级重点保护的极小种群野生植物，仅分布于云南省漾濞县和云龙县等地。茶果樟的果实被当地人称为“茶果”，具有清热明目功效，常炒熟后在市场上售卖，是深受当地人喜爱的“坚果”，有悠久的利用历史。研究还显示，茶果樟的果实含有大量月桂酸和癸酸，具有工业利用潜力；其树形优美，木材质地坚硬、有香味，是极具开发前景的园林绿化和材用树种。此外，《中国植物志》将中国樟属植物分为樟组（Sect. Camphora）和肉桂组（Sect. Cinnamomum），茶果樟形态、解剖和分子都介于樟组和肉桂组之间，其系统发育位置特殊，具有重要的科学研究价值。
近日，为开展茶果樟遗传资源的精准保护和特色资源的发掘利用，依托中国科学院昆明植物研究所的云南省极小种群野生植物保护与利用创新团队基于HiFi三代测序、全基因组和转录组ONT测序、Hi-C、二代全基因组和二代转录组测序等技术，对茶果樟进行了测序、组装和注释，获得染色体水平高质量全基因组。其基因组大小为1.06Gb，contig N50长度92.10Mb，约99.92%的组装序列可以定位到12条染色体上（2n=24），组装结果仅1个gap，同时共注释发现30497个基因，其中28681个基因为蛋白质编码基因。
基于该研究结果，团队在国际期刊Scientific Data在线发表了题为Chromosome-level genome assembly of the threatened resource plant Cinnamomum chago的研究论文，团队博士研究生陶丽丹和郭世伟为共同第一作者，孙卫邦研究员为论文的通讯作者。该研究获得第二次青藏高原综合科学考察研究项目（2019QZKK0502）、云南省野生动植物保护项目（2021SJ14X-10）和国家科技基础资源调查专项项目（2017FY100100）的资助。
果实