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植物基因组学和计算生物学研究组
研究组成员

研究组成员

文章来源:  |  发布时间:2018-07-03  |  作者:陈武、贾乔雅  |  浏览次数:  |  【打印】 【关闭

 

 本研究组自20174月建立。目前有研究员1人(朱安丹),助理研究员1人(樊维姝),在读博士4人(陈武,刘芳,杜海媛,金鑫),在读硕士3(朱楚萌,者孟青,李小玲)毕业成员1人(贾乔雅)

在职人员(相同职位按拼音姓氏排序)

 

樊维姝 博士 助理研究员

Email: fanweishu@mail.kib.ac.cn

学习与工作经历:

2018.1-      助理研究员   中国科学院昆明植物研究所   西南野生生物种质资源库

2012.8-2017.9  博士、博士后  美国内布拉斯加林肯大学    农学与园艺系

2007.9-2011.7  学士       西北农林科技大学        农学院农学专业

研究方向:

植物比较基因组学与进化生物学。基于基因组及转录组测序技术与分子生物学实验相结合的方法,系统分析绿色植物质体基因组的进化特征以及一些新特征的起源及进化:如基因组结构、基因及内含子含量、RNA编辑、水平基因转移等;同时开展植物多倍体基因组的研究和顺反调控对基因及其表达的影响等研究。

发表论文:

1. Fang Liu *, Weishu Fan * , Jun-Bo Yang, Chun-Lei Xiang, Jeffrey P Mower, DZ Li #, Andan Zhu #. Episodic and GC-biased bursts of intragenomic and interspecific synonymous divergence in Ajugoideae (Lamiaceae) mitogenomes. 2020. New Phytologist

2. Wenhu Guo#, Andan Zhu#, Weishu Fan, Robert P Adams, Jeffrey P Mower*. Extensive Shifts from Cis-to Trans-splicing of Gymnosperm Mitochondrial Introns. 2020. Molecular Biology and Evolution 37(6), 1615-1620

3. W Fan, W Guo, L Funk, JP Mower, A Zhu *. Complete loss of RNA editing from the plastid genome and most highly expressed mitochondrial genes of Welwitschia mirabilis. 2019. Science China Life Sciences

4. A Zhu*, Fan, RP Adams, JP Mower. Phylogenomic evidence for ancient recombination between plastid genomes of the Cupressus-Juniperus-Xanthocyparis complex (Cupressaceae). 2018. BMC Evolutionary Biology 18(1), 137

5. W Fan, W Guo, JL Van Etten, JP Mower. Multiple origins of endosymbionts in Chlorellaceae with no reductive effects on the plastid or mitochondrial genomes. 2017. Scientific Reports 7 (1), 1-10

6. W Guo, A Zhu, W Fan, JP Mower. Complete mitochondrial genomes fromthe ferns Ophioglossum californicum and Psilotum nudum are highly repetitive with the largest organellar introns. 2017. New Phytologist 213(1),391-403

7. W Fan, A Zhu, M Kozaczek, N Shah, N Pabón-Mora, F González, ...Limited mitogenomic degradation in response to a parasitic lifestyle in Orobanchaceae. 2016. Scientific Reports 6, 36285

8. W Guo, F Grewe, W Fan ,GJ Young, V Knoop, JD Palmer, JP Mower.  Ginkgo and Welwitschia mitogenomes reveal extreme contrasts in gymnosperm mitochondrial evolution. 2016. Molecular Biology and Evolution 33(6), 1448-1460

9. A Zhu, W Guo, S Gupta, W Fan,  JP Mower. Evolutionary dynamics of the plastid inverted repeat: the effects of expansion, contraction, and loss on substitution rates. 2016. New Phytologist 209(4), 1747-1756

10. W Guo, F Grewe, A Cobo-Clark, W Fan, ...  Predominant and substoichiometric isomers of the plastid genome coexist within Juniperus plants and have shifted multiple times during cupressophyte evolution. 2014. Genome Biology and Evolution 6(3), 580-590



                                          

陈武 在读博士(合作培养)

Email: chenwu@mail.kib.ac.cn

学习与工作经历:

2018.9-    在读博士   中国科学院昆明植物研究所  生物化学与分子生物学

2017.7-2018.8 科研助理  中国科学院昆明植物研究所 中国西南野生生物种质资源库

2014.9-2017.6  硕士    北京林业大学        林木遗传育种专业

2010.9-2014.6  学士     滁州学院           生物科学专业  

研究方向:

基于分子生物学实验与基因组及转录组测序技术相结合的方法,从群体水平上系统分析多倍体植物基因组的演化特征以及植物多倍体形成与表达调控机制,进而研究其在倍性植物重要表型性状形成之间所起到的作用。

专业技能:

1 计算机及编程语言:Linux R

2 物信息学及基因组学:DNA/蛋白质序列分析、 转录组数据分析、群体水平数据分析

3 分子生物学:DNA提取、RNA提取、PCR

发表论文:

Chen W, Hou L, Zhang Z, et al. Genetic Diversity, Population Structure, and Linkage Disequilibrium of a Core Collection of Ziziphus jujuba Assessed with Genome-wide SNPs Developed by Genotyping-by-sequencing and SSR Markers[J]. Frontiers in Plant Science

陈武,孔德仓,崔艳红,.枣核心种质表型性状多样性及裂果相关性研究[J].北京林业大学学报.

康亚璇,陈武,庞晓明,李颖岳.枣不同组织提取RNA方法的比较及优化[J].分子植物育种.

Zhang Z Y, Wang H, Chen W, et al. Genetic diversity and structure of native andnon-native populations of the endangered plant Pinus dabeshanensis[J]. Genetics and molecular research: GMR, 2016, 15(2)

 

                                       

刘芳 在读博士(合作培养)

Email: liufang@mail.kib.ac.cn

学习与工作经历:

2018.9-    在读博士   中国科学院昆明植物研究所   生物化学与分子生物学

2017.5-2018.8  科研助理   中国科学院昆明植物研究所   西南野生生物种质资源库

2011.9-2014.7   硕士     河南师范大学            细胞生物学专业

2007.9-2011.6   学士     河南城建学院            生物工程专业

研究方向:

植物质体基因组(线粒体基因组)的进化基因组学。从基因组演化的角度探讨植物线粒体基因组的大小、结构、基因和内含子含量及非编码区变异等在不同进化地位生物中的多样性及其形成的规律和机制。主要以显花植物中线粒体基因组变异较大的物种为研究对象,采用基因组和转录组测序技术结合分子生物学实验的方法,研究显花植物线粒体基因组多样性的成因和影响。

专业技能:

1 计算机及编程语言:Linux,C++

2 生物信息学及基因组学:DNA、蛋白质序列分析、基因组组装与注释

3 分子生物学:DNA提取、细胞器基因组提取、PCR、构建载体、流式细胞术

发表论文:

Fang Liu*, Weishu Fan*, Jun-Bo Yang, Chun-Lei Xiang, Jeffrey P Mower, De-zhu Li  #, Andan Zhu #, Episodic and GC-biased bursts of intragenomic and interspecific synonymous divergence in Ajugoideae (Lamiaceae) mitogenomes , 2020, New Phytologist

 

                                                  

杜海媛 在读博士

Email: duhaiyuan@mail.kib.ac.cn

学习经历:

2020.9-       在读博士    中国科学院昆明植物研究所  生物化学与分子生物学

2017.9-2020.07   在读硕士  中国科学院昆明植物研究所   生物化学与分子生物学

  2013.9-2017.6      学士     湖北民族学院           园艺学  

研究方向:

植物比较基因组学和比较转录组学。基于蔷薇科不同物种基因组学数据开展比较基因组的分析,研究基因的演化过程;

基于不同开花习性的八倍体栽培草莓转录组学数据开展比较转录组学的分析,解析八倍体四季草莓连续开花的调控机制。

专业技能:

1 计算机及编程语言:LinuxRPython

2 生物信息学及基因组学:DNA/蛋白质序列分析、基因组/转录组数据分析、基因组组装与注释

3 分子生物学:DNA/RNA的提取、qPCR、遗传转化体系的构建 

 

                    

金鑫 在读博士

Email: 

学习与工作经历:

2020.9-       在读博士     中国科学院昆明植物研究所      生物化学与分子生物学

2017.9-2020.6     硕士      云南农业大学              植物病理

2013.9-2017.6     学士      云南农业大学              动植物检疫  

专业技能:

1 计算机及编程语言:Linux, R

2 生物信息学及基因组学:转录组、代谢组数据分析,基因共表达网络构建

3 分子生物学:DNA提取,RNA提取,qPCR

发表论文:

Xin Jin, Liwei Guo, Baihui Jin, Shusheng Zhu, Jiaqing Wu, Tao Liu#, Xiahong He#. Inhibitory mechanism of 6-Pentyl-2H-pyran-2-one secreted by Trichoderma atroviride T2 against Cylindrocarpon destructans. Pesticide Biochemistry and Physiology, 2020.

金鑫,李孝敬,黄艺伟,靳百慧,王慧玲,何霞红. 不同年份三七根际真菌的分离鉴定及其多样性的比较. 中药材, 2020.

何迟,王慧玲,金鑫,靳百慧,粟珊,段亚男,何霞红. 云南、广西三七黑斑病病原链格孢菌的鉴定. 植物保护学报, 2019.

杨婷,杨宽,何迟,王慧玲,王文鹏,金鑫,朱书生,朱有勇,何霞红. 三七黑斑病病原菌Alternaria alternata Keissl.生物学特性研究. 中药材, 2018.

 

   

朱楚萌 在读硕士

Email: zhuchumeng@mail.kib.ac.cn

学习经历:

2018.9-      在读硕士    中国科学院昆明植物研究所   生物化学与分子生物学

2014.9-2018.6   学士      华南农业大学           林学

研究方向: 

植物非编码RNA与多倍化的关系。结合多组学数据,探究倍性演化过程中非编码RNA对基因表达调控的作用机制。

专业技能:

1 计算机与编程语言:Linux R

2 生物信息学技能:转录组分析

 

 

者孟青 在读硕士

Email:zhemengqing@mail.kib.ac.cn

学习与工作经历:

2018.9-       在读硕士     中国科学院昆明植物研究所   生物化学与分子生物学

2017.4-2018.6   分子实验员    中国科学院昆明植物研究所   西南野生生物种质资源

2015.9-2017.6   学士       云南农业大学           园艺 

研究方向:

腐生早期植物大根兰的核质共进化研究

专业技能:

1 分子生物学:各类植物DNA的提取、植物标本DNA的提取纯化和检测、PCR扩增

2 生物信息学及基因组学:基因组组装与注释


 

李小玲 在读硕士

Email:

学习经历:

2020.7-       在读硕士      中国科学院昆明植物研究所  生物化学与分子生物学

2016.9-2020.7   学士          西北大学          生物技术

专业技能:

  1 计算机与编程语言:HTML、CSS

 


 

贾乔雅 (已毕业)

Email: jiaqiaoya@mail.kib.ac.cn

学习经历:

2017.9-2020.7   硕士   中国科学院昆明植物研究所  生物化学与分子生物学   

  2013.9-2017.6  学士    山东大学          生物科学    

研究方向: 

  进化与计算生物学

专业技能:

1 分子生物学:DNA提取,RNA提取,PCR

2 生物信息学及基因组学:基因组注释、origin的使用

毕业去向:

    中国科学院海洋研究所 

 


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